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小笠原長棟(おがさわらながむね、明応元年(1492年) - 天文11年(1542年))は戦国時代の武将。信濃の大名小笠原氏(府中小笠原氏)の当主。小笠原貞朝の子。小笠原貞高(高天神小笠原氏)の弟。小笠原長時、小笠原信定、小笠原貞種、女子(村上義清妻)、女子(藤沢頼親妻)の父。信濃守。従四位下。
林城を本拠とする府中小笠原氏出身。智勇に優れた人物で、1534年、対立する伊奈小笠原氏の当主小笠原長基を打倒し、分裂していた小笠原氏を統一した。さらに敵対していた諏訪氏と和睦するなど、小笠原氏の戦国大名としての基礎と最盛期を築き上げた。