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Nectanébo II (-360/-343) se vit offrir la couronne qu'il accepta, laissant Téos aux prises avec les Perses. Sous son règne l'Égypte vécut ses dernières années de paix et pendant 18 années il réussit à éloigner la menace toujours présente de l'invasion Perse en remportant une bataille en -351. Ce répit de courte durée permit à Nectanébo de continuer l'œuvre de son grand-père.
Des statues du faucon Horus qui protégeaient le roi entre ses pattes, provenant d'Héliopolis, sont exposées aujourd'hui au Musée du Caire et au Metropolitan Museum of Art à New York. Il construisit également à Philae où il édifia un pylône et son activité est attestée à Assouan, Edfou où le naos que l'on y voit encore est à son nom, à Erment, à Karnak en continuant le premier pylône, à Coptos, Hermopolis, Hérakléopolis, Memphis, Behbeit el-Hagar où les restes du temple d'Isis datent en grande partie de son règne, à Bubastis au temple de Bastet, et à Horbeit où il fonda un temple dédié à Horus. Son sarcophage en granit a été retrouvé à Alexandrie, sans doute un remploi des périodes gréco-romaine, et peut aujourd'hui être admiré au British Museum.
La fin de son règne est troublée par le conflit avec les Perses et l'Égypte sera envahie par les armées d'Artaxerxès III qui, cette fois, prépara mieux sa campagne et qui, après avoir vaincu la citadelle de Péluse à la pointe orientale du delta, prend Bubastis et met le siège devant Memphis où s'était réfugié le roi. Nectanébo s'enfuit alors en Haute-Égypte où il semble garder le contrôle et organise la résistance qui se serait poursuivie jusqu'en -335 par son successeur Khababash. Celui-ci aurait même repris le contrôle de Memphis puisqu'un Apis a été enterré en l'an 2 de son règne. Les perses l'emportèrent alors sous le règne de Darius III Codoman, mais pour une courte durée. Déjà Alexandre portait ses efforts sur l'Empire Perse après avoir réussi l'unité de la Grèce et bientôt il libérera l'Égypte de l'envahisseur se faisant couronner Pharaon à son tour.