Byzantijns Egypte
Bij de dood van Theodosius I in 395, viel Egypte in de schoot van het Byzantijnse Rijk. De toestand in Egypte wordt er echter niet beter op.
Naast de zware belastingsdruk, zorgde de twist rond het monofysitisme en het dyofysitisme, dat religieuze implicaties had (in verband met de aard van Christus), maar ook politieke dat er rellen uitbraken.
Het monofystisme wordt uiteindelijk overwonnen. Daarenboven, ordoneert keizer Justinianus I van Byzantium de sluiting, met een edict in 551, van de tempel van Philae dat het laatste overblijfsel van het paganisme was, waar men nog steeds de oude culten beoefende, in het bijzonder die van Isis. Desalnietemin slagen de Egyptische monophysitisten erin zich te hergroeperen en een nationale autochtone kerk te stichten: de Koptisch-orthodoxe Kerk.
Onder de regering van Heraclius van Byzantium, heeft Egypte te lijden onder twee invasies: de eerste (615) door de Perzische koning, de tweede (639) door Amr, luitenant van de kalief Omar. Met de medewerking van Mokoukos (of Makaukas), prefect van Midden-Egypte, komt hij in Memphis binnen, maakt hij zich meester van de burcht van Babylon en trekt hij op tegen Alexandrië, waar de melkitische groepen (d.i. het Griekse) zich het hardnekkigst verzetten tegen hem. Uiteindelijk na veertien maanden beleg, nadat men geen enkele hulp had gekregen vanuit Byzantium, gaf Alexandrië zich over (22 december 640), en Egypte, dat blij is met de religieuze garanties die de overwinnaar hen aanbied, vervangen het zware en wrede juk van de Byzantijnse keizers door het lichtere van Mahomed.
