Amplification Fragment Length Polymorphism

Amplification Fragment Length Polymorphism (AFLP) is een identificatietechniek om het genoom van bacteriën en fagen van elkaar te kunnen onderscheiden. Er wordt gebruikgemaakt van willekeurig gekozen primers die goede resultaten blijken te geven.

Het is een combinatie van een restrictie/ligatie-reactie met een polymerase chain reaction (PCR). Na het isoleren van het DNA uit het staal wordt het DNA in stukjes geknipt met restrictie-enzymes. Tegelijkertijd worden stukjes kunstmatig gesynthetiseerd DNA (adapters) aan deze knipplaatsen geligeerd.

Voor de daaropvolgende PCR-reactie worden primers toegevoegd die de adaptersequentie herkennen. De DNA-fragmenten worden samen met de adapters vermenigvuldigd in de PCR-reactie. Men kan het aantal geamplificeerde restrictie-fragmenten regelen door aan de primers één of meerdere extra nucleotiden toe te voegen. Voor eenvoudige genomen zoals die van fagen worden primers zonder overhang gebruikt, zodat alle bekomen restrictie-fragmenten geamplificeerd worden.

Uiteindelijk kan de detectie van de geamplificeerde fragmenten gebeuren door capillair-elektroforese. Hierbij worden de fragmenten gescheiden door migratie doorheen een polymeer in een capillair. De eigenlijke detectie gebeurt met een laserstraal die de fluorescentie van de fluorescerend-gemerkte primers meet. Aan elk AFLP-product wordt een interne standaard toegevoegd zodat de lengte van de fragmenten kan berekend worden.