Primärstruktur

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Unter Primärstruktur versteht man in der Biochemie die unterste Ebene der Strukturinformation eines Biopolymers, d.h. die Sequenz der einzelnen Bausteine. Bei Proteinen ist dies die Abfolge der einzelnen Aminosäuren, bei Nukleinsäuren (DNA und RNA) die Anordnung der Nukleotide.

Aus der Primärstruktur eines Proteins leiten sich seine weiteren Strukturen zwingend ab. Zur Zeit gibt es jedoch keine verläßliche Methode, aus dieser in der Primärstruktur enthaltenen Information fehlerfrei abzuleiten, wie die resultierende Kette räumlich angeordnet ist. In der Regel lassen sich meist jedoch aus Erfahrungswerten sowohl Voraussagen über wahrscheinliche Strukturelemente als auch über die Funktion des Proteins treffen.

Aus der Primärsequenz von DNA kann - da der genetische Code bekannt ist, und jedes Codon für eine Aminosäure codiert - die Primärsequenz des resultierenden Proteins ermittelt werden. Umgekehrt ist das nicht ohne weiteres möglich, da die meisten Aminosäuren mehr als nur ein Codon haben. Man sagt aus diesem Grund auch, der genetische Code ist degeneriert.

Für die Angabe der Primärstruktur existieren vereinbarte Konventionen:

• Proteine werden vom N-Terminalen Ende (links) zum C-Terminalen Ende (rechts) geschrieben.
• Bei DNA und RNA beginnt man beim 5'-Phosphatende (links) und endet mit dem 3'-Hydroxyende (rechts).

Siehe auch: Sekundärstruktur, Tertiärstruktur, Quartärstruktur

[Bearbeiten] Ermittlung der Primärstruktur bei Proteinen

Die klassische Methode zur Sequenzierung von Proteinen wurde von Pehr Edman entwickelt. Der Edman-Abbau hat im wesentlichen drei Schritte:

1. Markierung der ersten N-terminalen Aminosäure durch Phenylisothiocyanat.
2. Abspaltung der markierten Aminosäure.
3. Identifikation der abgespalteten Aminosäure, z.B. durch HPLC oder durch Ionenaustauschchromatographie

Dann beginnt ein neuer Zyklus.

Die Methode wurde weitgehend automatisiert und funktioniert für Peptide bis zu einer Länge von ca. 50 Aminosäuren. Größere Proteine werden vor der Analyse in Fragmente gespalten, die getrennt sequenziert werden. In letzter Zeit gewinnen auch verstärkt massenspektroskopische Methoden an Bedeutung in diesem Bereich.

[Bearbeiten] Ermittlung der Primärstruktur von DNA

Eine Methode zur DNA-Sequenzierung wurde 1965 von Frederick Sanger entwickelt und wird auch Didesoxy- bzw. Kettenabbruchmethode genannt. Der Einbau von Didesoxy-Nukleotiden führt zum Abbruch der Synthesereaktion - wenn man nun vier Reaktionsansätze macht, in denen zusätzlich jeweils eine Art von Didesoxy-Nukleotid eingesetzt wird, erhält man z.B. im Ansatz wo Didesoxy-Cytosin verwendet wurde ausschließlich Fragmente die mit Cytosin enden. Die entstandenen Fragmente können nun durch parallele Agarose-Gelelektrophorese nach ihrer Länge aufgetrennt werden. Das Fragment das am weitesten läuft, ist das kürzeste - befindet es sich z.B. in der Gelspur des Ansatzes mit Didesoxy-Cytosin, so ist die erste Base Cytosin.

Auch dieses Verfahren wurde weitgehend automatisiert - hier erfolgt die Auftrennung durch Elektrophorese meist in einer gemeinsamen Gelspur, die Unterscheidung der Fragmente erfolgt durch Fluoreszenzmarkierungen, die durch einen Laser detektiert werden.

[Bearbeiten] Ermittlung der Primärstruktur von RNA

RNA wird in DNA umgeschrieben und als DNA sequenziert (siehe oben). Die Umschreibung erfolgt durch ein Enzym, die Reverse Transkriptase. Das Resultat dieses Vorgangs ist cDNA; siehe Herstellung von cDNA.