Биоинформатика

Из пројекта Википедија

ДНК секвенцијална анализа

Биоинформатика (енг. bioinformatics, computational biology) је наука која се бави информатичким основама као и похрањивањем, организацијом и анализом биолошких података. На почетку су ти подаци долазили махом из генетике али се у међувремену биоинформатика употребљава и у фармацији, за прорачун прогнозе протеинских структура и интеракције. Симулација и прорачун биолошких експеримената и података се назива и ин силико прорачун (енг. in silico).

[уреди] Биоинформатика и ДНК секвенце

Први биоинформатички програми су били развијени за ДНК секвенцијалну анализу. Ту се ради првенствено о брзом проналажењу поновљених дијелова (шаблона) у веома дугим ДНК секвенцама и рјешавање проблема преклапања и позиционирања двије или више секвенци да би се добила њихова највећа подударност. Примјену у тој области су нашли алгоритми динамичног и методолошког програмирања. Код биолошких хипотеза се ријетко траже тачне подударности кратких секвенцијалних дијелова и то најчешће за одвојене "сигнале" као стартна и завршна секвенца генетског кода.

Поред тих, развијена су и рјешења за проналажење гена у непознатим ДНК секвенцама (прогноза гена, енг. gene finding, gene prediction). Тај тип проблема проналажења шаблона се рјешава различитим методама и алгоритмима: статистичком секвенцијалном анализом, марков-ланцима, вјештачким неуронским мрежама, и тако даље.

[уреди] Бионформатика и протеини

Напретком у истраживању и достигнућима из области функционалне анализе генома (на примјер, црва caenorhabditis elegans), тежиште рада у биоинформатици се пребацује на хипотезе протеомике, као на примјер, проблем разлагања и прогноза структуре протеина, односно питање секундарне и терцијарне структуре код одређених секвенци аминокиселина. Питање интеракције протеина са различитим лигандима (нуклеинским киселинама, другим протеинима или мањим молекулима) је веома важно, зато што из одговора на то питање произилазе закључци и важне информације за медицину и фармацију; на примјер, »Какав утицај има мутацијом измијењени протеин на тјелесне функције?« или »Који препарати, како дјелују на различитим протеинима?«.

[уреди] Филогенија

На основу ДНК, као и секвенци аминокиселина могу се конструисати филогенетске структуре, које представљају еволуциони развој данашњих живих бића од великим дијелом непознатих и због тога хипотетичних предака.

[уреди] Похрањивање података

Знатан дио посла једног биоинформатичара се састоји, поред математичких анализа, и из консолидовања и похрањивања података у индицираним и повезаним биолошким базама података. Збуњујућа разноликост ДНК (нпр. "Ген банк") и протеинских база података (нпр. "Свис порт") широм свијета, је до сада проузроковала редудантно (исти садржај на више мјеста) и самим тим грешкама склоно похрањивање података.

[уреди] Аудио

Преслушајте чланак · (инфо)

   

Овај аудио фајл је направљен из верзије чланка датума 26.09.2005., и не укључује касније доприносе чланку.

   

[уреди] Спољашње везе

• http://biowaredb.org Претраживач публикованих биоинформатичких сазнања
• http://harvester.embl.de Мета претраживач за гене и протеине човјека и миша
• http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez Претраживач ЕНТРЕЗ
• http://www.geneontology.org Ген-онтолошки конзорцијум
• http://www.uni-tuebingen.de/plant.biochemistry/Lehre/infurl.htm Збирка биоинформатичких веза
• http://www.zbi.uni-saarland.de Институт за биоинформатику универзитета Сарланд
• http://www.bioinformatik.de Биоинформатички интернет каталог
• http://www.bigwiki.de Информације за студенте биоинформатике (вики)
• http://www.expasy.org База података швајцарског института за биоинформатику