Bioinformatyka
Z Wikipedii
Bioinformatyka to dyscyplina zajmująca się stosowaniem narzędzi matematycznych i informatycznych do rozwiązywania problemów biologii.
Podstawowe zagadnienia bioinformatyki:
- katalogowanie informacji biologicznych (bazy danych, wyszukiwanie sekwencji, anotacji, danych numerycznych w bazach danych)
- analiza sekwencji DNA (składanie sekwencji, anotacja, wyszukiwanie sekwencji kodujących, regulatorowych i repetytywnych, motywów, markerów)
- analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów
- ustalanie ewolucyjnych relacji pomiędzy zbiorami sekwencji / organizmów (drzewa filogenetyczne)
- genotypowane (używane między innymi do wyszukiwania genów odpowiedzialnych za choroby genetyczne, w ustalaniu ojcostwa, kryminalistyce)
- analiza ekspresji genów (głównie analiza danych z mikromacierzy)
- analiza sekwencji białek (porównywanie sekwencji, wyszukiwanie domen i motywów, przewidywanie własności fizyko-chemicznych, drugo- i trzecio-rzędowej struktury białka, lokalizacji w obrębie komórki)
- katagolowanie funkcji genów/białek, analiza dróg metabolicznych (np metabolizm lipidów) oraz dróg sygnałowych (np od receptora na powierzchni komórki poprzez kaskadę kinaz do czynników transkrypcyjnych)
- modelowanie układów biologicznych (np kinetyka szeregu reakcji enzymatycznych w komórce)
- wirtualne dokowanie (ang. virtual docking) - np. używajac trójwymiarowej struktury aktywnego centrum enzymu ("zamek" albo "kieszonka" ang. pocket) przeszukuje się w komputerze tysiace małych cząsteczek z których kilka-kilkanaście ('kluczy') będzie miało kształt mieszczacy się w centrum aktywnym. Pierwszy krok w kierunku odkrywania nowych leków.
- komputery DNA
- morfometria / analiza obrazu
[edytuj] Przydatne linki
- Polskie grupy badawcze
- Pracownia Bioinformatyki i Inżynierii Białka w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komorkowej - przewidywanie i analiza struktury i funkcji białek
- Pracownia Bioinformatyki, Wydział Biologii, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza - analiza RNA
- Pracownia Teorii Biopolimerów, Uniwersytet Warszawski - bioinformatyka, modelowanie białek
- Zakład Bioinformatyki i Telemedycyny przy Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie
Zobacz też: przegląd zagadnień z zakresu biologii
