Rhodophyta (classification phylogénétique)
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[modifier] IntroductionCette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Rhodophyta (ou algues rouges), c'est à dire un arbre mettant en lumière les relations évolutives complexes (relations groupes ancestraux - groupes descendants) existantes entre les différents organismes vivants, ou taxa, constituant ce groupe. Du fait de ses méthodes nouvelles basées sur la biologie moléculaire, la phylogénie, science récente à l'origine de la classification phylogénétique du vivant, est en plein essor et parfois en contradiction avec l'ancienne classification classique, majoritairement basée, elle, sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi, certains points particuliers font parfois encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici. [modifier] Position phylogénétique des Rhodophyta dans l'arbre des eucaryotes
Deux hypothèses différentes existent. Selon Moreira et al. (2000), les Rhodophyta (qu'ils nomment Rhodobionta) sont le taxon-frère des Chlorobionta et ces deux groupes forment les Metabionta. Selon Van de Peer & De Wachter (1997), Nozaki et al. (2003, 2005), les Rhodophyta ne sont pas le groupe-frère des plantes vertes, et seraient à la base d'un vaste taxon comprenant des groupes précédemment rattachés aux protistes ainsi que les Straménopiles. [modifier] Arbre phylogénétique résumé└─o Rhodophyta ├─o Rhodellophytina ou Porphyridiales ├─o Metarhodophytina ou Compsopogonales └─o Eurhodophytina ├─o Bangiophyceae │ ├─o Rhodochaetales │ └─o Bangiales └─o Florideophyceae ├─o Ahnfeltiales ├─o Hildenbrandiales ├─o │ ├─o │ │ ├─o Rhodogorgonales │ │ └─o Corallinales │ └─o │ ├─o Acrochaetiales │ ├─o Nemaliales │ ├─o Palmariales │ └─o Batrachospermales └─o ├─o Bonnemaisoniales ├─o Ceramiales ├─o Gelidiales ├─o Rhodymeniales ├─o Gracilariales ├─o Halymeniales ├─o Plocamiales └─o Gigartinales [modifier] Arbre phylogénétique développé└─o Rhodophyta ├─o Rhodellophytina ou Porphyridiales │ ├─o Porphyridiaceae │ ├─o Goniotrichaceae │ └─o Phragmonemataceae ├─o Metarhodophytina ou Compsopogonales └─o Eurhodophytina ├─o Bangiophyceae │ ├─o Rhodochaetales │ └─o Bangiales │ ├─o Erythropeltidaceae │ ├─o Bangiaceae │ └─o Boldiaceae └─o Florideophyceae ├─o Ahnfeltiales ├─o Hildenbrandiales ├─o │ ├─o │ │ ├─o Rhodogorgonales │ │ └─o Corallinales │ │ ├─o Corallinaceae │ │ ├─o Hapalidiaceae │ │ └─o Sporolithaceae │ └─o │ ├─o Acrochaetiales │ ├─o Nemaliales │ │ ├─o Galaxauraceae │ │ ├─o Liagoraceae │ │ └─o Scinaiaceae │ ├─o Palmariales │ │ ├─o Palmariaceae │ │ ├─o Rhodophysemataceae │ │ └─o Rhodothamniellaceae │ └─o Batrachospermales │ ├─o Batrachospermaceae │ ├─o Lemaneaceae │ ├─o Psilosiphonaceae │ └─o Thoreaceae └─o ├─o Bonnemaisoniales │ ├─o Bonnemaisoniaceae │ └─o Naccariaceae ├─o Ceramiales │ ├─o Ceramiaceae │ ├─o Dasyaceae │ ├─o Delesseriaceae │ └─o Rhodomelaceae ├─o Gelidiales ├─o Rhodymeniales │ ├─o Champiaceae │ ├─o Faucheaceae │ ├─o Lomentariaceae │ └─o Rhodymeniaceae ├─o Gracilariales │ ├─o Gracilariaceae │ └─o Pterocladiophilaceae ├─o Halymeniales │ ├─o Halymeniaceae │ ├─o Sebdeniaceae │ └─o Tsengiaceae ├─o Plocamiales └─o Gigartinales ├─o Acrosymphytaceae ├─o Acrotylaceae ├─o Areschougiaceae ├─o Calosiphoniaceae ├─o Caulacanthaceae ├─o Choreocolacaceae ├─o Corynocystaceae ├─o Corynomorphaceae ├─o Cruoriaceae ├─o Cubiculosporaceae ├─o Cystocloniaceae ├─o Dicranemataceae ├─o Dumontiaceae ├─o Endocladiaceae ├─o Furcellariaceae ├─o Gainiaceae ├─o Gigartinaceae ├─o Gloiosiphoniaceae ├─o Hypneaceae ├─o Kallymeniaceae ├─o Mychodeaceae ├─o Mychodeophyllaceae ├─o Nizymeniaceae ├─o Petrocelidaceae ├─o Peyssonneliaceae ├─o Phacelocarpaceae ├─o Phyllophoraceae ├─o Polyideaceae ├─o Pseudoanemoniaceae ├─o Rhizophyllidaceae ├─o Rissoellaceae ├─o Sarcodiaceae ├─o Schmitziellaceae ├─o Solieriaceae ├─o Sphaerococcaceae ├─o Tichocarpaceae └─o Wurdemanniaceae |
 
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[modifier] Arbre phylogénétique selon Saunders et Hommersand, 2004
[modifier] Arbre phylogénétique selon Yoon et al., 2006
Les termes de Rhodoplantae ou de Rhodobiota (Rhodobiontes) proposés assez récemment par certains auteurs sont discutés. La dernière phylogénie en date propose de ne retenir que le terme de Rhodophyta (Rhodophytes) pour l'embranchement, avec deux sous-embranchements : Cyanidiophytina et Rhodophytina (Yoon et al., 2006).
Ce travail est basé sur l'analyse des séquences de deux gènes chloroplastique (psaA et rbcL) dans 48 espèces et de 7 autres séquences (psaB, psbA, psbC, psbD, tufA, 18SrADN et 16SrADN) dans un nombre de taxons plus restreint.
─o règne Eukaryota └─o embranchement Rhodophyta Wettstein 1901 ├─o sous-embranchement Cyanidiophytina H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 │ └─o classe Cyanidiophyceae Merola, Castaldo, De Luca, Gambardella, Musacchio et Taddei 1981 │ └─o ordre Cyanidiales Christensen 1962 │ ├─o famille Cyanidiaceae Geitler 1935 │ └─o famille Galderiaceae Merola, Castaldo, De Luca, Gambardella, Musacchio et Taddei 1981 └─o sous-embranchement Rhodophytina ├─o classe Bangiophyceae Wetstein 1901 │ └─o ordre Bangiales Nägeli 1847 │ └─o famille Bangiaceae Engler 1892 ├─o classe CompsopogonophyceaeG.W. Saunders et Hommersand 2004 │ ├─o ordre Compsopogonales Skuja 1939 │ │ ├─o famille Boldiaceae Herndon 1964 │ │ └─o famille Compsogonaceae Schmitz in Engler et Prantl 1896 │ ├─o ordre Erythropeltidales Garbary, Hansen et Scagel 1980 │ │ └─o famille Erythrotrychiaceae G.M. Smith 1933 │ └─o ordre Rhodochaetales Bessey 1907 │ └─o famille Rhodochaetaceae Schmitz in Engler et Prantl 1896 ├─o classe Florideophyceae Cronquist 1960 │ ├─o sous-classe Hildenbrandiophycidae │ │ └─o ordre Hildenbrandiales │ ├─o sous-classe Nemaliophycidae │ │ ├─o ordre Acrochaetiales │ │ ├─o ordre Balbianiales │ │ ├─o ordre Balliales │ │ ├─o ordre Batrachospermales │ │ │ ├─o famille Bathrachospermaceae │ │ │ ├─o famille Lemaneaceae │ │ │ └─o famille Psilosiphonaceae │ │ ├─o ordre Colaconematales │ │ ├─o ordre Corallinales │ │ │ ├─o famille Corallinaceae │ │ │ └─o famille Sporolithaceae │ │ ├─o ordre Nemaliales │ │ │ ├─o famille Galaxauraceae │ │ │ └─o famille Liagoraceae │ │ ├─o ordre Palmariales │ │ │ ├─o famille Palmariaceae │ │ │ ├─o famille Rhodophysemataceae │ │ │ └─o famille Rhodothamniellaceae │ │ ├─o ordre Rhodogorgonales │ │ └─o ordre Thoreales │ ├─o sous-classe Ahnfeltiophycidae │ │ ├─o ordre Ahnfeltiales │ │ └─o ordre Pihiellales │ └─o sous-classe Rhodymeniophycidae │ ├─o ordre Bonnemaisoniales │ │ ├─o famille Bonnemaisoniaceae │ │ └─o famille Naccariaceae │ ├─o ordre Ceramiales │ │ ├─o famille Ceramiaceae │ │ ├─o famille Dasyaceae │ │ ├─o famille Delesseriaceae │ │ └─o famille Rhodomelaceae │ ├─o ordre Gigartinales │ │ ├─o famille Acrosymphytaceae │ │ ├─o famille Acrotylaceae │ │ ├─o famille Areschougiaceae │ │ ├─o famille Blinksiaceae │ │ ├─o famille Calosiphoniaceae │ │ ├─o famille Caulacanthaceae │ │ ├─o famille Corynocystaceae │ │ ├─o famille Cruoriaceae │ │ ├─o famille Cubiculosporaceae │ │ ├─o famille Cystocloniaceae │ │ ├─o famille Dicranemataceae │ │ ├─o famille Dumontiaceae │ │ ├─o famille Endocladiaceae │ │ ├─o famille Furcellariaceae │ │ ├─o famille Gainiaceae │ │ ├─o famille Gigartinaceae │ │ ├─o famille Gloiosiphoniaceae │ │ ├─o famille Haemeschariaceae │ │ ├─o famille Kallymeniaceae │ │ ├─o famille Mychodeaceae │ │ ├─o famille Mychodeophyllaceae │ │ ├─o famille Nizymeniaceae │ │ ├─o famille Petrocelidaceae │ │ ├─o famille Peyssonneliaceae │ │ ├─o famille Phacelocarpaceae │ │ ├─o famille Phyllophoraceae │ │ ├─o famille Polyideaceae │ │ ├─o famille Rhyzophyllidaceae │ │ ├─o famille Rissoellaceae │ │ ├─o famille Schmitziellaceae │ │ ├─o famille Solieriaceae │ │ ├─o famille Sphaerococcaceae │ │ └─o famille Tichocarpaceae │ ├─o ordre Gracilariales │ │ ├─o famille Gracilariaceae │ │ └─o famille Pterocladiophyllaceae │ ├─o ordre Halymeniales │ │ ├─o famille Halymeniaceae │ │ ├─o famille Sebdeniaceae │ │ └─o famille Tsengiaceae │ ├─o ordre Nematostomatales │ │ ├─o famille Nematostomataceae │ │ └─o famille Schizymeniaceae │ ├─o ordre Plocamiales │ │ ├─o famille Plocamiaceae │ │ ├─o famille Pseudoanemoniaceae │ │ └─o famille Sarcodiaceae │ └─o ordre Rhodymeniales │ ├─o famille Champiaceae │ ├─o famille Faucheaceae │ ├─o famille Lomentariaceae │ └─o famille Rhodymeniaceae ├─o classe Porphyridiophyceae H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 │ └─o ordre Porphyridiales Kylin ex Skuja 1939 │ └─o famille Porphyridiaceae Skuja 1939 ├─o classe Rhodellophyceae Cavalier-Smith 1998 │ └─o ordre Rhodellales H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 │ └─o famille Rhodellaceae H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 └─o classe Stylonematophyceae H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 └─o ordre Stylonematales Drew 1956 └─o famille Stylonemataceae Drew 1956
[modifier] Débat scientifique relatif à la phylogénie des Rhodophyta
[modifier] En savoir plus
[modifier] Sources bibliographiques de référence
- (en) Moreira, David, Le Guyader, Hervé, Philippe, Hervé (2000) The origin of red algae and the evolution of chloroplasts. Nature 405: 69-72
- (en) Nozaki, Hisayoshi, Matsuzaki, Motomichi, Takahara, Manabu, Misumi, Osami, Kuroiwa, Haruko, Hasegawa, Masami, Shin-i, Tadasu, Kohara, Yuji, Naotake, Ogasawara, Kuroiwa, Tsuneyoshi (2003) The phylogenetic position of Red Algae revealed by multiple nuclear genes from mitochondria-containing eukaryotes and an alternative hypothesis on the origin of plastids J Mol Evol 56: 485-497
- (en) Saunders, Gary W., Hommersand, Max H. (2004) Assessing red algal supraordinal diversity and taxonomy in the context of contemporary systematic data. Am. J. Bot. 91: 1494-1507
- (en) Van de Peer, Yves, De Wachter, Ruppert (1997) Evolutionary relationships among the eucaryotic crown taxa taking into account site-to-site rate variation in 18S rRNA. J Mol Evol 45: 619-630
- (en) Yoon, Hwan Su, Müller, Kirsten M., Sheath, Robert G., Ott, Franklyn D., Bhattacharya, Debashish (2006) Defining the major lineages of red algae (Rhodophyta). J. Phycol. 42: 482-492
[modifier] Autres sources bibliographiques
- Cabioc'h, J., Floc'h, J.-Y., Le Toquin, A., Boudouresque, C.F., 2006. Guide des algues des mers d'Europe, Delachaux et Niestlé (éd.). ISBN 260301384X.
[modifier] Sources internet
[modifier] Liens internes
- Rhodophyta
- Eukaryota (classification phylogénétique)
- Arbre phylogénétique (introduction)
- Photo-guide taxinomique de la faune et de la flore sous-marine
- Photo-guide taxinomique du monde végétal
- Répertoire général des ressources en botanique
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