Xenosaga Episode I: Der Wille zur Macht

L’Episode I permet principalement de mettre en exposition les personnages et l'intrigue du jeu.

Après que le Dr. Matsuda est découvert le Zohar original en 20xx après J.C à Turkana au Kenya, Le jeu se transporte 4000 ans dans le futur. Le vaisseau spatial de la Galaxy Federation le ‘‘Woglinde abritant le projet KOS-MOS en développement et un Emulateur Zohar, découvert dans les restes de la planète détruite Ariadne. Shion Uzuki, une employée des Vector Industries, continue les test sur l’androïde de combat KOS-MOS, et semble pouvoir voir une jeune fille :Nephilim. Nephilim rencontre Shion alors qu’elle étudie l’émulateur Zohar. Puis, le Woglinde se fait attaquer par un groupe de Gnosis, qui recherchent ardamment l’émulateur. Cette attaque est en partie orchestrée par les agents de la U-TIC Organization, Vanderkam et Cherenkov. Ils veulent prendre l’émulateur pour leur patron, Margulis. Pendant l’attaque, KOS-MOS s’active soudainement, les Gnosis s »chappent avec l’émulateur, Shion et Cherenkov sont touché par les Gnosis, et les agents U-TIC s’enfuit (sans Cherenkov, qui rejoinds Shion et son équipage). Le Lieutenant Virgil de la Federation est aussi bléssé par KOS-MOS par un tir ami et croit avoir été tué. Après que le Woglinde fut détruit, Shion, Cherenkov, Allen Ridgely, et KOS-MOS sont sauvés par le vaisseau spatial Elsa. Il fouille les ruines du vaisseau pour la Kukai Foundation. Sur l’Elsa, le groupe rencontre le mystérieux garçon chaos avant de demander au Capitaine Matthews de les escorter jusqu’à Second Miltia.

Pendant ce temps, Margulis explique l’importance du plan des U-TIC de recupérer le Zohar Original sur Old Miltia. Immediatemment après, le commandant de Vector, Wilhelm, donne l’ordre Red Testament de "rassembler les agents necessaire ". Le Cyborg Ziggurat 8 (Ziggy) est assigné par le S.O.C.E. pour sauver le prototype Realian de série 100, MOMO, kidnappée par la U-TIC Organization car elle possède la Y-Data, qui contient les étapes pour trouver le Zohar Original sur Old Miltia, parmi d’autres informations. Le S.O.C.E. ordonne à Ziggy de rammener MOMO sur Second Miltia pour tester la Y-Data. Ziggy atteint le quartier général de U-TIC (Pleroma) et sauve MOMO, après avoir combattu le leader de la U-TIC.