マルタの国旗は、赤・白の二色旗。1091年にシチリアを治めていたルッジェーロ1世（初代シチリア王の父）からこの二色を授かったとされるが、定かではない。
竿側に赤で縁取られたゲオルギウスの十字が付けられている。これは第二次世界大戦中のマルタ国民の勇敢な行動に対してイギリスより贈られたものである（当時はイギリス支配下）。この旗は公式には1964年9月21日の独立時に制定された。
商船旗は全く違ったデザインで、赤地に白のマルタ十字（キリスト教の象徴であり、十字軍の紋章）が使われている。マルタ騎士団や聖ヨハネ騎士団の使っているものと同じである。
マルタの商船旗（2:3）
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