Auxotrophe
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On devrait toujours parler de mutant auxotrophe. Par cet adjectif on désigne le fait que le mutant a perdu la capacité de biosynthèse d'un métabolite essentiel donné (en langue anglaise, le terme "essential metabolite" n'est pas utilisé et on préfère le terme assez élégant de "building block" ; il s'agit de désigner ainsi les "briques élémentaires" suivantes : les 20 aminoacides incorporés lors de la traduction des protéines, les nucléotides des acides nucléiques, les acides gras des membranes, les coenzymes ...). Le mutant auxotrophe est défini en comparaison de l'organisme non muté d'origine.
Par perte de capacité de biosynthèse, on entend une impossibilité de biosynthèse à partir des métabolites intermédiaires précurseurs fondamentaux ("precursor metabolites" en anglais, au nombre d'une douzaine : glucose-6-P, fructose-6P, ribose-6P, érythrose-6P, glyceraldéhyde-3P, 3-phosphoglycérate, phosphoénolpyruvate, pyruvate, acétylCoA, 2-oxoglutarate, succinylCoA, oxaloacétate). Les biosynthèses des "briques élémentaires" sont réalisées par des chaînes de réactions enzymatiques qui utilisent les métabolites intermédiaires précurseurs fondamentaux comme source de carbone. Si une enzyme d'une chaîne donnée de biosynthèse est non fonctionnelle, la capacité de biosynthèse est globalement perdue.
Ainsi on pourra parler d'un mutant auxotrophe pour la leucine. Le mutant voit sa chaîne de biosynthèse de la leucine, originellement fonctionnelle, devenue globalement inopérante.
