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O CCE foi criado em 1962 pelo Prof. J. O. Monteiro de Camargo. Chamava-se Centro de Cálculo Numérico e pertencia à Escola Politécnica. O computador instalado foi um IBM1620, sendo o primeiro em universidades paulistas e o segundo em universidades brasileiras. Já nesta ocasião os alunos da Escola Politécnica utilizavam o computador através da disciplina Cálculo Numérico. Em 1963 o Centro de Cálculo Numérico desligou-se da Escola Politécnica e passou a pertencer ao Instituto de Pesquisas Matemáticas (IPM) com o nome de Centro de Computação Eletrônica, e em 1971 tornou-se órgão autônomo ligado à Reitoria da USP
