Southern blot

A Wikipédiából, a szabad lexikonból.

A Southern blot egy molekuláris biológiai módszer, amely azáltal tudja növelni az agaróz gél elektroforézis eredményét, hogy specifikus DNS szakaszokat jelöl meg. Kitalálója után kapta nevét, az Egyesült Királyságbeli biológus, Edwin Southern után, és a neve miatt a további blot mechanizmusokat is hasonló módon nevezték el: Western blot, Northern blot.

[szerkesztés] A módszer

A DNS elektroforézisből származó gélt bázikus oldattal kezelik (általában NaOH-t tartalmaz), ezzel kettős szálú törést eredményezve a DNS-en, azaz denaturálva azt, amely egy-egy szálra történő bontást jelent. A DNS denaturálása fontos a későbbi membránhoz való kötődés és a szondákhoz való kapcsolódás miatt.
Nitrocellulóz vagy nylon membránt helyeznek a gél tetejére. Nyomást gyakorolnak a gélre vagy egy légszívattyú segítségével; papírtörülközőkkel vagy súly ráhelyezésével.Ez fogja a DNS-t a gélről a membránra vinni, ahol az kötődni tud.
Aztán a membránt szárítják (a nitrocellulóz miatt) vagy UV sugárzásnak teszik ki, hogy átmenetileg keresztbekössék a DNS-t a membránon.
Majd a membránt hibridizációs szondával kezelik - ami egy olyan specifikus szekvenciával rendelkező DNS molekula, mely a vizsgálni kívánt szakasszal komplementer. A szonda jelölve van, vagy radiokatívan vagy fluoreszcensen, illetve kromogenikus festékkel, a láthatóvá tevés érdekében. Egyes esetekben, A hibridizációs szondát RNS-ből készítik.
A hibridizációt követően, a nem hibridizált szondákat kimossák a felületről, és a hibridizációs mintázatot Röntgen-sugárzással vagy autoradiográfiával teszik láthatóvá radioaktív vagy fluorescens jelölés esetén, esetleg a kromogenikus kimutatás által keltett színek segítségével.