Bioinformatyka

Z Wikipedii

Bioinformatyka to dyscyplina zajmująca się stosowaniem narzędzi matematycznych i informatycznych do rozwiązywania problemów biologii.

Podstawowe zagadnienia bioinformatyki:

• katalogowanie informacji biologicznych (bazy danych, wyszukiwanie sekwencji, anotacji, danych numerycznych w bazach danych)

• analiza sekwencji DNA (składanie sekwencji, anotacja, wyszukiwanie sekwencji kodujących, regulatorowych i repetytywnych, motywów, markerów)

• analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów

• ustalanie ewolucyjnych relacji pomiędzy zbiorami sekwencji / organizmów (drzewa filogenetyczne)

• genotypowane (używane między innymi do wyszukiwania genów odpowiedzialnych za choroby genetyczne, w ustalaniu ojcostwa, kryminalistyce)

• analiza ekspresji genów (głównie analiza danych z mikromacierzy)

• analiza sekwencji białek (porównywanie sekwencji, wyszukiwanie domen i motywów, przewidywanie własności fizyko-chemicznych, drugo- i trzecio-rzędowej struktury białka, lokalizacji w obrębie komórki)

• katagolowanie funkcji genów/białek, analiza dróg metabolicznych (np metabolizm lipidów) oraz dróg sygnałowych (np od receptora na powierzchni komórki poprzez kaskadę kinaz do czynników transkrypcyjnych)

• modelowanie układów biologicznych (np kinetyka szeregu reakcji enzymatycznych w komórce)

• wirtualne dokowanie (ang. virtual docking) - np. używajac trójwymiarowej struktury aktywnego centrum enzymu ("zamek" albo "kieszonka" ang. pocket) przeszukuje się w komputerze tysiace małych cząsteczek z których kilka-kilkanaście ('kluczy') będzie miało kształt mieszczacy się w centrum aktywnym. Pierwszy krok w kierunku odkrywania nowych leków.

• komputery DNA

• morfometria / analiza obrazu

[edytuj] Przydatne linki

• Polskie grupy badawcze
  • Pracownia Bioinformatyki i Inżynierii Białka w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komorkowej - przewidywanie i analiza struktury i funkcji białek
  • Pracownia Bioinformatyki, Wydział Biologii, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza - analiza RNA
  • Pracownia Teorii Biopolimerów, Uniwersytet Warszawski - bioinformatyka, modelowanie białek
  • Zakład Bioinformatyki i Telemedycyny przy Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie

Zobacz też: przegląd zagadnień z zakresu biologii