Biota (taksonomi)

Fra Wikipedia, den frie encyklopædi

Biota er et overdomæne, som kategoriserer alt liv inkl. organismer - og vira, selvom de af de fleste ikke anses for at være liv.

Indholdsfortegnelse 1 Lidt historie 2 Mikroorganismerne er jordens sande regenter og deres manfoldighed er ufattelig stor 3 Systematik 4 Nyere systematikjusteringer 5 Kilder/referencer 5.1 Systematik 5.2 Livs forskellighed 5.3 Usædvandlige mikrober 5.4 Antal riger 5.5 Protister 5.6 Geners alternative veje 6 Se også 7 Eksterne hevisninger

[redigér] Lidt historie

Aristoteles (384 f.Kr. - 322 f.Kr.) udarbejdede Scala naturae baseret på materiale indsamlet af Alexander den store og klassificerede liv i to grupper planter og dyr. Og dyrene blev beskrevet rimelig nuanceret for hans tid, hvilket har givet Aristoteles betegnelsen zoologiens fader.

Lige siden Carl von Linné udgav sit værk Systema naturae i 1735, har der været en diskussion af hvor mange biologiske riger liv skal indplaceres i. Carl von Linné lagde grunden til livs klassifikation ved alene at kigge på livs makroskopiske ligheder. Det kaldes også fænetisk systematik.

[redigér] Mikroorganismerne er jordens sande regenter og deres manfoldighed er ufattelig stor

Aristoteles, Carl von Linné og deres samtid kendte ikke til encellet og flercellet småt liv - mikroorganismer (mikrober) som f.eks. bakterier, alger, arker... og det er bl.a. dette liv, som giver biologerne flest systematikkvaler. Grunden er, at man ikke kan forlade sig på makroskopiske egenskaber, dog undtagen karakterisering via en mikrobekulturs udseende i en petriskål med agar. Man er nødt til at se på deres DNA, cellestruktur, organeller for at kunne klassificere dem og her viser det sig at deres forskellighed er større end makroskopisk livs - f.eks. svampe, planter og dyr. Mange eukaryote mikrober kan ikke indplaceres og de er indtil videre lagt i "rodekassen" protister.

Jordens sande regenter er mikroorganismerne. Oprindeligt troede man at liv først fandt sin plads på jorden i æraen kambrium, men det har vist via arkæologiske fund, at liv; mikrober, allerede levede i æraen Arkæikum for 3.800 millioner år siden et stykke inde i den første æon Prækambrium. Man har fundet fotosynteserende mikrober fra ca. 3.700 millioner år siden og det var bl.a. dem, der for ca. 1.800 millioner år siden forårsagede, at en iltholdig atmosfære dannedes, havvandet blev rengjort og dermed havde tilendebragt en terraforming, der muliggjorde højere liv på landjorden, i luften og i vandet. Det har simpelthen været biologisk nanoteknologi, når det er bedst.

Selv i dag har man opdaget mikrober, som lever ved at gnave sig igennem selve havbunden fra 0 til 300 meter under havvandet. Man har også fundet mikrober under jorden, som lever af brint og andre, som lever ved at reducere sulfat. I dag tror man faktisk, at der vægtmæssigt findes mere liv under jorden end på den.

[redigér] Systematik

Selv omkring år 2000 var der ikke enighed om, hvor mange biologiske riger liv skal indplaceres i. Grunden er, at man selv i dag opdager nye arter og nye egenskaber i arter. Siden opdagelsen af DNA og brugen af kladogrammer, har man anvendt denne nye måde til at kunne sammenligne udvalgte dele af livs DNA (kladistisk systematik) og ren DNA systematik kaldes fylogenetisk systematik. Men pga. af DNA store mængde information er man nødt til at plukke "velvalgte" dele af DNA ud og benytte det til systematiseringen og sammenholde det med den gamle fænetiske systematik. Denne systematikblanding kaldes evolutionær systematik. Hvilke dele af DNA, der skal anvendes, er den enkelte forskers eller forskergruppes vurdering og da forskellige forskere kan have hvert deres syn på, hvad der skal vælges, er det en kilde til debat og diskussion.

Og som det ikke skal være nok, viser det sig at især småt liv forholdsvis tit udveksler gener (nogle DNA-stumper f.eks. i form af plasmider), hvilket gør klassificeringen endnu sværere og mere interessant. Indtil for få årtier siden blev livs "spontane" genudveksling anset for stort set umuligt.

[redigér] Nyere systematikjusteringer

Nogle af de større justeringer af systematik for makroskopisk liv, har f.eks. været at fuglene med stor sikkerhed nedstammer fra en taksonomisk linie i dinosaurerne (man har fundet dinosaurer med fjer på); søkøer og elefanter er ret tæt beslægtede; planterne og dyrenes gruppering er internt blevet ændret noget. Bl.a. pga. af disse ændringer har mange livsgrupperinger fået flere latinske navne, som er afhængig af den givne grupperings placering. Andre latinske grupperinger er nydannede og andre igen er blevet nedlagt som f.eks. prokaryot. Herudover er der blevet opdaget nye dyr lige fra de mindre bjørnedyr og Mantophasmatodea til de større; Kæmpeblæksprutte, Kolosblæksprutte, Kæmpemund. Noget liv er tidligere blevet anset for at være svindelnumre, uddøde eller har været svære at indplacere som f.eks. næbdyr (ligner en krydsning mellem en and og en bæver), weta (kæmpeinsekt der ligner en krydsning mellem en kakerlak og en fårekylling), Wollemia nobilis og Den blå fisk - og herudover kødædende planter (f.eks. Venus fluefanger).

Ovenstående bør man have i tankerne når følgende systematikker granskes:

Tidligere forskning inddelte biota i følgende ((Webarchive kopi) kilde Whittaker Five Kingdom System (1978) Plant Classification):

• Biota
  • Domæne Prokaryot Procaryotae
    • Rige Bakterier Monera Bacteriae.
      • Række Archaebacteriobionta (ca.=Archaea).
      • Række Eubacteriobionta (ca.=Eubacteria).
  • Domæne Eukaryot Eukaryota Eucaryotae.
    • Rige Svampe Fungi.
    • Rige Planter Plantae.
    • Rige Dyr Animalia.
    • Rige Protister Protoctista Protista - Organismer som ikke kan indplaceres i ovenstående eukaryot-riger.

Ifølge nyere forskning bl.a. Tree of Life web project: Eukaryotes (Eukaryota), Tree of Life web project: Life on Earth og Lars Skipper: Dyreriget og de andre riger kan Biota, indtil videre (år 2003), inddeles i følgende gruppehierarki. Prokaryot blev tidligere anvendt som en fællesbetegnelse om Eubacteria og Archaea. Det bliver de ikke mere da de er for forskellige:

• Biota
  • Vira acytota aphanobionta
  • Domæne Bacteria Bacteriae
    • Rige Ægte bakterier Eubacteria (Spirulina, (Blågrønalge Cyanobacteria)...)
  • Domæne Arker Archaea
    • Rige Arkebakterier Archebacteria
  • Domæne Eukaryot Eukaryota Eucarya Eucaryotae, (organismer med celler, der indeholder en cellekerne)
    • Opisthokonts
      • Rige Dyr Metazoa
      • Collar-flagellates, (choanoflagellates)
      • Rige Svampe Fungi Mycota
      • ?-Microsporidia
    • Alveolates, (dinoflagellater, ciliater, apicomplexa) Berkeley University: Introduction to the Alveolates
    • Stramenopila Stramenopiles (tidligere Chromista Heterokonta Chromobionta) (kiselalger, brunalger, fingertang, blæretang...)
    • Række Rødalger Rhodophyta Rhodophycota (Nori...) Berkeley University: Introduction to the Rhodophyta. The red "algae"
    • Rige Grønne planter Viridaeplantae (grønalger (incl. prasinophyter)) og højere planter.
    • Rige Protister Protista Protoctista (protozo, slimdyr, amøbe...) - resten af Eukaryota, som ikke kan indplaceres andre steder.

[redigér] Kilder/referencer

[redigér] Systematik

• Brands, S.J. (comp.) 1989-2002. Systema Naturae 2000. Amsterdam, The Netherlands. Citat: "...The classification of life is changing rapidly. As new techniques reveal more about the phylogenetic relationships between taxa, the tree changes shape almost every day....", Google søgning i domænet: "taxonomy.nl".
• III. Molecular Phylogenetic Trees as Alternative Hypotheses
• Dr. Timothy C. Hall, TAMU: BOTN 101 - Fall 2003 - Week 2 - Classification - Evolution - Bacteria - Viruses (pdf)
• ScienceDaily, 2003-09-19, Bacterial Relationships Revealed Citat: "...constructing a bacterial family tree is indeed possible..."

[redigér] Livs forskellighed

• BBCNews, 4 December, 2002, Life 'began on the ocean floor'
  • SpaceRef.com, July 29, 1997: Scientists Discover Methane Ice Worms On Gulf Of Mexico Sea Floor
    • The Eberly College of Science: Methane Ice Worms discovered on Gulf of Mexico Sea Floor download Publication quality photos
  • Artikel, 2000: Methane Ice Worms: Hesiocaeca methanicola. Colonizing Fossil Fuel Reserves
  • SpaceRef.com, May 04, 2001: Redefining "Life as We Know it" Hesiocaeca methanicola In 1997, Charles Fisher, professor of biology at Penn State, discovered this remarkable creature living on mounds of methane ice under half a mile of ocean on the floor of the Gulf of Mexico.
• BBCNews, 18 December, 2002, 'Space bugs' grown in lab Citat: "...Bacillus simplex and Staphylococcus pasteuri...Engyodontium album...The strains cultured by Dr Wainwright seemed to be resistant to the effects of UV - one quality required for survival in space...."
• BBCNews, 19 June, 2003, Ancient organism challenges cell evolution Citat: "..."It appears that this organelle has been conserved in evolution from prokaryotes to eukaryotes, since it is present in both,"...Agrobacterium tumefaciens..."

[redigér] Usædvandlige mikrober

• BBC News, 28 September, 2001: The microbes that 'rule the world' Citat: "... The Earth's climate may be dependent upon microbes that eat rock beneath the sea floor, according to new research....The number of the worm-like tracks in the rocks diminishes with depth; at 300 metres (985 feet) below the sea floor, they become much rarer..."
• Ingeniøren: 14.04.2002 Brint-spisende bakterier fundet under jorden Citat: "...Nye undersøgelser viser, at der findes enorme mængder bakterier under jorden, der lever af brint...Deres samlede masse er ifølge en NASA-forsker større end alt levende på Jordens overflade tilsammen..."
  • BBCNews: 16 January, 2002, Tough bugs point to life on Mars Citat: "...This research demonstrates that certain microbes can thrive in the absence of sunlight by using hydrogen gas..."

[redigér] Antal riger

• Lars Skipper: Dyreriget og de andre riger Citat: "...Jordens livsformer er i de sidste par tusinde år blevet inddelt i et antal riger, fra den oprindelige traditionelle inddeling i planter og dyr, til en inddeling, der varierer fra 5-8 efter systematisk opfattelse. Diskussionen er langt fra færdig..."
• Saint Anselm College: Survey of representatives of the major Kingdoms Citat: "...Number of kingdoms has not been resolved...Bacteria present a problem with their diversity...Protista present a problem with their diversity...", Interactive Syllabus for General Biology - BI 04, Saint Anselm College, Summer 2003

[redigér] Protister

• Webarchive backup: Intro to Organismal and Population Biology: Diversity and Systematics - Chap. 22 Citat: "...Protista, supposedly the single celled Eukarya (but not really)...Therefore, the protists are the single celled eukaryotes plus all the multicellular eukaryotes that don't fit anywhere else. The protists are a real mess..."
• Nearctica, Protista, General Introduction Citat: "...If you are confused, so are we. Much remains to be resolved..."

[redigér] Geners alternative veje

• 2005-07-05, Sciencedaily: Trees, Vines And Nets -- Microbial Evolution Changes Its Face Citat: "...EBI researchers have changed our view of 4 billion years of microbial evolution...In all, more than 600,000 vertical transfers are observed, coupled with 90,000 gene loss events and approximately 40,000 horizontal gene transfers...A few species, including beneficial nitrogen-fixing soil bacteria, appear to be 'champions'of horizontal gene transfer; "it's entirely possible that apparently harmless organisms are quietly spreading antibiotic resistance under our feet," concludes Christos Ouzounis..."
• 2003-08-08, ScienceDaily: Cross-species Mating May Be Evolutionarily Important And Lead To Rapid Change, Say Indiana University Researchers Citat: "...the sudden mixing of closely related species may occasionally provide the energy to impel rapid evolutionary change..."
• 2005-11-11 Sciencedaily: Lateral Thinking Produces First Map Of Gene Transmission Citat: "...Their results clearly show genetic modification of organisms by lateral transfer is a widespread natural phenomenon, and it can occur even between distantly related organisms... it was assumed that transfer of genes could only be vertical, i.e. from parents to offspring..."

[redigér] Se også

• Biota - for andre betydninger.
• biologi
• mikroorganisme
• Organisme klassifikationsmetoder
  • Systema naturae
  • Scala naturae
• Liv i rummet

[redigér] Eksterne hevisninger

• Google: Taxonomy
• Integrated Taxonomic Information System (ITIS) Citat: "...Here you will find authoritative taxonomic information on plants, animals, fungi, and microbes of North America and the world..."
• NCBI Taxonomy entry: root (omfattende)
• NCBI Taxonomy resources (omfattende)
• Harry Foundalis: Index of Species (Mange billeder). Citat: "...All of our pictures are copyrighted by the curator. Any use for commercial purposes without the consent of the copyright-holder is prohibited. Feel free to use our pictures for educational purposes...."
• Species 2000 Indexing the world's known species. Species 2000 has the objective of enumerating all known species of plants, animals, fungi and microbes on Earth as the baseline dataset for studies of global biodiversity. It will also provide a simple access point enabling users to link from here to other data systems for all groups of organisms, using direct species-links.
• The Tree of Life. Its basic goals are:
  • to provide a uniform and linked framework in which to publish electronically information about the evolutionary history and characteristics of all groups of organisms
  • to present a modern scientific view of the evolutionary tree that units all organisms on Earth
  • to aid education about and appreciation of biological diversity
  • to provide (eventually) a life-wide data base and searching system about characteristics of organisms
  • to provide a means to find taxon-specific information on the Internet, both taxonomic and otherwise
• Green Plant Phylogeny, Research Coordination Group, "DEEP GREEN", Understanding the Diversity of Plants. A five-year effort to reconstruct the evolutionary relationships among all green plants has resulted in the most complete "tree of life" of any group of living things on the planet, including animals.
• BBC News, August 4, 1999: The mother of all plants. Scientists have discovered that every plant species alive on land today shares a single common ancestor, at least 450 million years old.
• 7 August, 2000, Fantastic fungus find Citat: "...Researchers in the US have found what is probably the largest living organism on Earth....Scientists say it covers 890 hectares (2,200 acres) of land - an area equivalent to about 1,220 football pitches. The fungus is called Armillaria ostoyae, but is more popularly known as the honey mushroom. This particular specimen is calculated to be about 2,400 years old, although it could be two to three times this age...."
• BBCNews: 27 September, 2000, When slime is not so thick Citat: "...It means that some of the lowliest creatures in the plant and animal kingdoms, such as slime and amoeba, may not be as primitive as once thought..."
• http://www.taxonomicon.net/